Die FFH-Gebiete werden auch als Gebiete gemeinschaftlicher Bedeutung (GGB) bzw. Special Areas of Conservation (SAC), die Vogelschutzgebiete als besondere Schutzgebiete bzw. Special Protected Areas (SPA) bezeichnet. Sie werden von den Mitgliedsstaaten nach EU-weit einheitlichen Standards ausgewählt, unter Schutz gestellt und der EU-Kommission gemeldet.

Das Europäische Zentrum für Biodiversität in Paris (European Topic Centre for Biological Diversity, ETC/BD) validiert die Angaben und unterhält eine EU-weite Datenbank.

Die kartographische Darstellung der Schutzgebiete durch die Europäische Umweltagentur (European Environment Agency, EEA) erfolgt im Maßstab 1:100 000.

Aus Gründen des Artenschutzes werden sensible Informationen, etwa zu den Nistgebieten bedrohter Arten, in den frei verfügbaren Karten nicht dargestellt.

Die FFH-Richtlinie listet insgesamt 231 Lebensraumtypen (Anhang I, erläutert im Interpretations-Handbuch der Europäischen Kommission ) und mehr als 1 000 Tier- und Pflanzenarten von besonderer Bedeutung (Anhang II, IV, V) auf.

Ziel der Vogelschutzrichtlinie ist der Erhalt aller im europäischen Gebiet der Mitgliedstaaten natürlicherweise vorkommenden Vogelarten sowie die Gewährleistung eines für deren langfristiges Überleben ausreichenden Bestandes.

BirdLife International (2004) gibt für Europa 524 regelmäßig auftretende Vogelarten an. Der Anhang I der Vogelschutzrichtlinie führt die besonders gefährdeten bzw. schutzwürdigen Arten auf und umfasst zurzeit 190 Arten bzw. Unterarten.

Ziel des Netzwerkes von Schutzgebieten Natura 2000, das auch eine Verpflichtung der EU nach der UN-Konvention zur Biodiversität erfüllt, ist die langfristige Sicherung des Überlebens der wertvollsten und am meisten bedrohten Arten und Lebensraumtypen Europas.

Angesichts der Tatsache, dass der größte Teil der Flächen in privater Hand bleibt und nur in wenigen Flächen menschliche Nutzung ausgeschlossen wird, liegt der Schwerpunkt des Schutzes darauf, dafür zu sorgen, dass die Nutzung nachhaltig erfolgt, und zwar sowohl in ökologischem wie auch in ökonomischem Sinne.

Management
Für jedes Schutzgebiet ist ein Managementplan zu erstellen, der etwa die Festlegung der Erhaltungs- und Entwicklungsziele und die Planung von Maßnahmen umfasst. Die in den Gebieten wirtschaftenden Menschen, Verbände und die lokale Bevölkerung sind bei der Aufstellung und Umsetzung des Managementplans zu beteiligen.

Verträglichkeitsprüfung
Die FFH-Richtlinie (Art. 6, Abs. 3) sieht eine Verträglichkeitsprüfung vor im Falle von Plänen oder Projekten, die einzeln oder im Zusammenwirken mit anderen Plänen und Projekten ein FFH- oder Vogelschutzgebiet erheblich beeinträchtigen können.

Finanzierung
Die Finanzierung der Natura 2000-Schutzgebiete liegt primär bei den einzelnen Mitgliedstaaten, es kommt jedoch eine finanzielle Beteiligung der Europäischen Union v. a. für die Gebiete in Betracht, die prioritäre Arten und Lebensraumtypen beinhalten. 

Kohärenz
Zur Verbesserung der ökologischen Kohärenz der Schutzgebiete sollen sich die Mitgliedstaaten gemäß Artikel 3, Absatz 3 der FFH-Richtlinie bemühen, verbindende Landschaftselemente zu schaffen bzw. zu erhalten,  um Wanderung, Ausbreitung und Genaustausch über das Netz der gemeldeten Natura 2000-Gebiete hinaus zu fördern.

Artenschutz
Die Bestimmungen zum Artenschutz der Artikel 12 bis 16 der FFH-Richtlinie sowie der Artikel 5 bis 9 der Vogelschutzrichtlinie sind zu gewährleisten. Sie umfassen etwa Maßnahmen zur Regelung bzw. zum Verbot der Jagd oder bestimmter Fangmethoden, des Transports, der Entnahme, der Nutzung und des Handels in einer Anlage festgehaltener Tier- und Pflanzenarten.

Monitoring und Berichtspflicht
Artikel 11 der FFH-Richtlinie sieht eine allgemeine Überwachung (Monitoring ) der Arten und Lebensraumtypen gemeinschaftlichen Interesses (Anhang I, II, IV, V FFH-Richtlinie) vor, die auch außerhalb der Natura 2000-Gebiete stattfinden muss.

Eine wesentliche Verpflichtung der Mitgliedstaaten im Rahmen der FFH-Richtlinie (Artikel 17) ist, alle 6 Jahre über den Zustand der Bestandteile des Natura 2000-Netzes die Auswirkungen der in den Natura 2000-Gebieten durchgeführten Maßnahmen auf den Erhaltungszustand der Lebensraumtypen und Arten in ihrem Zuständigkeitsbereich Bericht zu erstatten. Es handelt sich hierbei um die erste umfassende gesetzliche Regelung zur Erfolgskontrolle im Naturschutz.

Die Mitgliedstaaten verpflichten sich ferner, nach Artikel 12 der Vogelschutzrichtlinie alle 3 Jahre der Europäischen Kommission einen so genannten Durchführungsbericht über die Anwendung einzelstaatlicher Vorschriften zu übermitteln.

Auf Grundlage der nationalen Berichte erstellt die Europäische Kommission zusammenfassende Berichte. Der Information der Öffentlichkeit wird dabei besonderes Gewicht beigemessen, die nationalen Durchführungsberichte ebenso wie die zusammenfassenden Berichte der Europäischen Union sind öffentlich zu machen.

Organisatorisches
Auf der Ebene der Europäischen Union wird die Umsetzung der FFH-Richtlinie durch den Habitatausschuss und der Vogelschutzrichtlinie durch den Ornis-Ausschuss unterstützt, die sich jeweils aus Vertretern aller Mitgliedstaaten und der EU-Kommission zusammensetzen.

FFH-Richtlinie und Vogelschutzrichtlinie fordern die Mitgliedstaaten und die Kommission dazu auf, die erforderliche Forschung und wissenschaftliche Arbeit zu ihrer Umsetzung zu fördern.

Änderungen der Anhänge der Richtlinien als Anpassung an den technischen und wissenschaftlichen Fortschritt sowie Anpassungen der Artenlisten an den aktuellen Kenntnisstand der Taxonomie und Systematik sollen nur in größeren Zeitabständen erfolgen und bedürfen eines einstimmigen Beschlusses des Rats der Europäischen Union.

Schutzgebiete in den Teilregionen der Großregion
Im Saarland sind 118 FFH-Gebiete mit einer Gesamtfläche von 26 319 ha (10,2 % der Landesfläche) und 41 Vogelschutzgebiete mit 23 680 ha (9,2 % der Landesfläche) als Natura 2000-Gebiete ausgewiesen. Da diese Gebiete sich großenteils überschneiden, besteht das Netz Natura 2000 im Saarland insgesamt aus 127 Gebieten mit einer Fläche von 29 940 ha, entsprechend  11,6 % der gesamten Landesfläche.

In Rheinland-Pfalz sind 120 FFH-Gebiete (12,9 % der Landesfläche) sowie 57 Vogelschutzgebiete (12,2 % der Landesfläche) als Natura 2000-Gebiete ausgewiesen. Die Gesamtfläche der Gebiete beträgt 385 000 ha entsprechend 19,4% der Landesfläche.

In Lothringen sind 77 FFH-Gebiete mit insgesamt 68 650 ha und 17 Vogelschutzgebiete mit 125 459 ha ausgewiesen, die bei teilweiser Überlappung mit insgesamt rund 165 889 ha 7% der Gesamtfläche Lothringens umfassen.

Wallonien hat 239 Natura 2000-Gebiete, davon 199 757 ha FFH-Gebiete und 198 700 ha Vogelschutzgebiete ausgewiesen, die sich zum großen Teil (177 629 ha) überlappen. Die Gesamtfläche beträgt 220 828 ha entsprechend 12,9% der Fläche Walloniens.

Im Großherzogtum Luxemburg gibt es (2010) 43 Habitat-Standorte nach FFH sowie 12 Standorte nach der Vogelschutzrichtlinie. Die Habitat-Standorte umfassen eine Gesamtfläche von 35 200 ha, die Vogelschutzgebiete 16 020 ha, die fast vollständig auf die Habitatflächen entfallen. Die FFH-Gebiete haben einen Anteil von 14,6% an der gesamten Landesfläche.

In der Großregion sind rund 839 400 ha an Natura 2000-Schutzgebieten ausgewiesen, das entspricht 12,8% der Gesamtfläche der Großregion.