Les zones Habitat Faune Flore sont également appelées sites d’importance communautaire (SIC) ou Special Areas of Conservation (SAC), les zones protégées Oiseaux sont appelées zones de protection spéciale ou Special Protected Areas (SPA). Les espaces Habitat Faune Flore sont désignés par les États membres selon des normes européennes. Ils sont ensuite protégés, puis communiqués à la Commission.

Le Centre thématique européen sur la diversité biologique à Paris (European Topic Centre for Biological Diversity, ETC/BD) valide les données et gère une banque de données européenne.

La représentation cartographique des zones protégées par l’Agence européenne pour l’environnement (European Environment Agency, EEA) est à l’échelle 1:100 000.

Pour des raisons de protection de l’espèce, les informations sensibles, telles que les zones de nidification d’espèces menacées ne sont pas représentées sur les trois cartes libres d’accès.

La directive Habitat Faune Flore dresse 231 types d’habitats au total (annexe I, expliqué dans le manuel d’interprétation de la Commission européenne ) et plus de 1 000 espèces animales et végétales (annexe II, IV, V).

L’objectif de la directive Oiseaux est d’assurer la protection de toutes les espèces d’oiseaux sauvages vivant naturellement sur le territoire européen ainsi que de garantir une conservation à long terme d’une population suffisante.

BirdLife International (2004) recense en Europe 524 espèces d’oiseaux observées régulièrement. L’annexe I de la directive Oiseaux fait l’inventaire des espèces particulièrement menacées ou à protéger et comprend actuellement 190 espèces et sous-espèces.

L’objectif du réseau de zones protégées Natura 2000, plan d’action de l’Europe dans le cadre de la convention sur la diversité biologique de l’UNO, est de conserver durablement la survie des espèces et des types d’habitats d’Europe les plus précieux et les plus menacés.

Natura 2000 n’est pas un système de zones naturelles strictement protégées qui interdit toute activité humaine. Même si le réseau comprend aussi des zones de ce type, la plupart des espaces appartiennent tout de même au secteur privé. Il s’agit plutôt d’assurer une exploitation durable, que ce soit au niveau écologique qu’au niveau économique.

Gestion
Chaque zone protégée doit faire l’objet d’un plan de gestion qui comprend entre autres la définition des objectifs de conservation et de développement, ainsi que les dispositions à prendre. Les personnes exploitantes, les associations et la population locale actives dans les zones protégées doivent être intégrées à la mise en place et à la réalisation du plan de gestion.

Évaluation
La directive Habitat Faune Flore (art. 6, al. 3) prévoit une évaluation appropriée en cas de projets qui seuls ou en relation avec d’autres projets pourraient mettre en danger les zones Oiseaux ou Habitat Faune Flore. 

Financement
Le financement des zones protégées Natura 2000 incombe en premier lieu aux différents États membres. Pour les zones qui hébergent des espèces et des types d’habitats prioritaires, la Communauté cofinance.

Cohérence
Afin d’améliorer la cohérence écologique des zones protégées, les États membres sont tenus, selon l’article 3, alinéa 3 de la directive Habitat Faune Flore, de créer et de conserver des éléments de paysage communs afin de favoriser la migration, la propagation et le flux de gènes au-delà des zones du réseau Natura 2000.

Protection des espèces
Les dispositions de la protection des espèces des articles 12 à 16 de la directive Habitat Faune Flore ainsi que des articles 5 à 9 de la directive Oiseaux sont à garantir. Il s’agit p.ex. de mesures de réglementation ou d’interdiction de la chasse ou de certaines méthodes de capture, de prise, d’exploitation et de commerce des espèces animales et végétales hébergées dans une installation. 

Surveillance et obligation de rapport
L’article 11 de la directive Habitat Faune Flore prévoit une surveillance générale des espèces et des types d’habitats d’intérêt communautaire (annexes I, II, IV, V directive Habitat Faune Flore), qui a également lieu en dehors des zones Natura 2000. 

Dans le cadre de la directive Habitat Faune Flore (article 17), les États membres sont tenus de faire rapport tous les 6 ans sur l’état des populations du réseau Natura 2000, les conséquences des dispositions prises dans les zones Natura 2000 sur l’état de conservation des types d’habitats et des espèces. Il s’agit de la première réglementation légale complète pour le contrôle dans la protection des espèces.

En outre, les États membres s’engagent, selon l’article 12 de la directive Oiseaux, de transmettre tous les 3 ans à la Commission européenne un rapport de réalisation sur l’application des directives nationales. 

En se basant sur les rapports nationaux, la Commission européenne établit des rapports de synthèse. Informer le public revêt d’une grande importance, les rapports de réalisation ainsi que les rapports de synthèse de l’Union européenne sont rendus public.

Organisation
Au niveau de l’Union européenne, l’application de la directive Habitat Faune Flore est appuyée par la commission Habitat Faune Flore, celle de la directive Oiseaux par la commission Ornis, des commissions qui se composent de représentants de tous les États membres et de la Commission européenne. 

La directive Habitat Faune Flore et la directive Oiseaux incitent les États membres et la Commission de promouvoir la recherche et le travail scientifique.

Des modifications des annexes des directives qui tiennent compte du progrès technique et scientifique ainsi que des adaptations des listes d’espèces aux connaissances actuelles de la taxonomie et de la systématique sont uniquement réalisées dans des intervalles plus longs et nécessitent une décision unanime du Conseil de l’Union européenne.

Zones protégées dans les régions membres de la Grande Région
La Sarre compte 118 zones Habitat Faune Flore d’une surface totale de 26 319 ha (10,2 % de la surface du Land) et 41 zones Oiseaux de 23 680 ha (9,2 % de la surface du Land) regroupées en zones Natura 2000. Comme ces zones se recoupent partiellement, le réseau Natura 2000 de la Sarre se compose de 127 zones au total d’une surface de 29 940 ha, ce qui correspond à 11,6 % de la surface totale du Land.

En Rhénanie-Palatinat , 120 zones Habitat Faune Flore (12,9 % de la surface du Land) ainsi que 57 zones Oiseaux (12,2 % de la surface du Land) sont des zones Natura 2000. La surface totale des zones est de 385 000 ha, ce qui correspond à 19,4 % de la surface du Land.

En Lorraine, on compte 77 zones Habitat Faune Flore d’une surface totale de 68 650 ha et 17 zones Oiseaux de 125 459 ha, qui se recoupent partiellement et représentent avec environ 165 889 ha 7 % de la surface totale de la Lorraine.

La Wallonie comprend 239 zones Natura 2000, dont 199 757 ha de zones Habitat Faune Flore et 198 700 ha de zones Oiseaux, qui se recoupent majoritairement (177 629 ha). La surface totale est de 220 828 ha, ce qui correspond à 12,9 % de la surface de la Wallonie.

Le Grand-duché de Luxembourg compte (2010) 43 sites Habitat Faune Flore ainsi que 12 sites Oiseaux. Les sites Habitat Faune Flore ont une surface totale de 35 200 ha, les zones Oiseaux une surface de 16 020 ha, qui se recoupent quasiment toutes avec les surfaces Habitat Faune Flore. Les zones Habitat Faune Flore représentent 14,6 % de la surface du pays.

La Grande Région compte environ 839 400 ha de zones Natura 2000, ce qui correspond à 12,8 % de la surface totale de la Grande Région.